Władze japońskiego banku reprezentowane będą przez prezesa, jego dwóch zastępców oraz tak zwanych audytorów wykonawczych występujących w liczbie trzech. Oprócz nich wyróżniamy jeszcze sześciu dyrektorów wykonawczych oraz kilku radców, liczba ich nie jest dokładnie sprecyzowaną, obecnie wynosiła będzie dziesięciu. Prezes wraz z wiceprezesami powoływani są na kadencję trwającą przez okres pięciu lat z ramienia rządu, gdzie wymagana jest akceptacja obu parlamentarnych izb. Rząd powoływać będzie jednocześnie audytorów wykonawczych ich kadencja trwa jednak cztery lata. Pozostali członkowi rady wykonawczej wyznaczeni zostają przez ministra finansów, co czynione jest na wniosek składany przez radę polityczną – jest to japoński odpowiednik naszej RPP. W skład rady politycznej wchodzić będą prezes z wiceprezesami oraz sześciu członków szeregowych. Rada wybiera spośród nich swojego przewodniczącego i nie musi być nim tak jak w przypadku polski prezes banku centralnego. Obecne funkcja prezesa banku Japonii piastowana jest przez Masaaki Shirikawę, który swoją posadę objął w marcu roku 2008.